Sejarah Desa
Batu Lepoq tidak terlepas dari sejarah Masyarakat Suku Dayak Basap di Kabupaten Kutai Timur. Desa ini telah berdiri
sekitar ± 200 tahun yang lalu yaitu
sekitar tahun 1817 dan telah disahkan oleh kerajaan Kutai Kartanegara. Pemberian nama desa Batu Lepoq diambil dari
sebuah situs batu yang berada di
tengah sungai dan dapat mengapung dan bergerak
sendiri setiap tahunnya. Sebelumnya nama desa Batu lepoq sendiri ialah Mengkuris. Pendiri desa Batu Lepoq adalah Pangeran Dagadung
yaitu pangeran yang berasal dari Kerajaan Sambaliung sebuah kerajaan yang berada di daerah Berau. Pangeran Dagadung
sendiri mempunyai nama panggilan lain yaitu Tunggul.

Warga desa
Batu Lepoq yang terdiri dari suku Dayak Basap dahulu masih banyak yang belum memiliki agama atau masih percaya pada
agama Kahuringan dan roh leluhur.
Agama Islam mulai dibawa dan diperkenalkan oleh salah seorang putri dari kerajaan Kutai Kartanegara yaitu Putri Siti Fatimah. Desa Batu Lepoq memiliki batas
wilayah dengan desa Karangan berupa
sungai yang ditetapkan oleh ketua adat namun memiliki batas area yang berbeda dengan
yang ditetapkan pemerintah. Adapun Kepala Desa Batu Lepoq yang pernah menjabat adalah sebagai berikut:
Bapak Lukahan sebelum
adanya sistem ke pemerintahan menjabat
sebagai Kepala Adat, Bapak Ijab, setelah adanya pemerintahan desa berikutnya dipimpin
oleh seorang kepala desa yaitu Bapak Iyan, Bapak Tawakal, Ibu Jum’ah dan bapak Aspul Anuar baru terpilih.